據文獻紀載於清朝康熙40年，由福建漳州引進台灣種植，至乾隆53年，由臺南廳安定里西堡人黃灌，種植於安定地區，道光末年，後來⿇豆⼀居⺠郭藥(郭庭輝)，路經安定里時，以兩⽃⽩米換得六株文旦樹苗，分苗至尪祖廟庄(今麻豆區北勢里)種植，其栽植較原安定地區果實風味更佳，所結出之果實，⽪薄⾁⽩，清香⽢甜，竟然比原產地還好，於是⿇豆居⺠紛紛引枝栽種，其後數十年。再由其親戚及其附近住戶李新田推廣，逐漸形成全台最著名的「麻豆文旦」。
另一種說法是相傳清朝年間，麻豆地方有一員外名叫林旦，事親至孝，鄉里人稱孝子，林旦的母親 非常喜歡吃柚子，因此每年林旦都買了不少柚子孝敬母親，有 一年冬天，林旦的母親臥病在床，遍訪名醫皆搖頭求去，有一天林旦母親醒了過來，向林旦說她想吃柚子，孝順的林旦二話不說跑了出去，就開始四處購買，但時遇嚴冬，柚子樹連柚花都還沒開，那裡買得到柚子呢！找了幾天，毫無頭緒，眼看林旦的母親快不行了，孝順的林旦悲傷莫名，跑到郊外跪在柚子樹下，地向老天請求賜予，淚水就滴落在柚子樹，當林旦的眼淚落在柚子樹上時，馬上長出一顆柚子，一時間柚子長滿了整樹，林旦馬上摘了幾顆回去孝敬母親，說也奇怪林旦的母親吃了他帶回來的柚子，病情馬上好轉，此事一傳十十傳百，一直傳到乾隆耳中，乾隆皇帝派了太子，也就是後來的嘉慶皇帝到台灣找柚子，嘉慶到了麻豆，了解了來籠去脈，就以林旦的名字旦字命名，把柚子稱作「文旦」，這就是「麻豆文旦」的由來。
民間傳說當年嘉慶君遊台灣時，至東門街上湊巧遇見一位凡夫俗子，手拿著一粒果子，其皮是黃色，內裡白色，當時嘉慶君並不知這是何物，於是問此果何名，得知稱文旦，嘉慶君食後覺得氣味甘甜，驚為果類中的上品，進一步詢問此文旦出產何地，答說在麻豆，於是登基後，將「麻豆文旦」敕封為「御用文旦」，因此，「麻豆文旦」才有「皇帝柚」之說。
日本昭和時期，「麻豆文旦」被選為「御用文旦」是供奉日本皇室的貢品，並獲頒日本天皇「一等賞」殊榮，因此這期間藉由高壓大量繁殖與栽培，進而擴及全麻豆成為地方特產，後經地方人士協議命名為「麻豆文旦」。
傳說「文旦」原先是一位女伶的藝名，她赴嶺南演出後，把柚種從嶺南帶回漳州，所以人們就以她的藝名為柚子取下這個名字。
在清朝時，每年進貢的「文旦」，皆從漳州所出產，而「文旦」是由一位當地在演戲小旦文姓所種，所以為了好記這個水果就叫「文旦」。